现任领导
岳平
所长
主持全面工作；分管科技创新，人才队伍建设等工作；分管干旱监测研究室。
杨金虎
副所长
负责甘肃飞天气象科技创新研究院相关工作；负责甘肃省气象学会秘书处相关工作；分管省部重点实验室、《干旱气象》期刊、科研成果转化等工作；分管干旱预测研究室、干旱灾害风险评估研究室。协管王鹤龄同志分管工作。
王鹤龄
副所长
分管政务财务、人事教育、科普宣传、安全生产工作；分管中国气象局定西干旱气象与生态环境野外科学试验基地建设工作；专职负责党建、精神文明及工青妇、老干部等工作；分管综合办公室、干旱气候变化影响研究室。协管刘维成同志分管工作。
杨侃
总工程师
分管区域数值模式研发及业务应用、科研基础条件建设等工作；分管数值模式研究室、干旱试验保障室。协管杨金虎同志分管工作。